La guerra quasi incessante tra le due potenti rivali repubblicane non poteva finire che con la vittoria della più forte; e cioè di Genova. Già dopo la caduta di Lerici la potenza pisana nell'alto Tirreno va lentamente calando, mentre si accresce sempre più quella genovese, che però, per mantenere le sue posizioni, deve battersi contro nuovi avversari (Aragonesi, Angioini, Veneziani e altri).
Porto Venere, anche in queste lotte, segue fedelmente la madre-patria, subendo attacchi violenti, conoscendo bene i nemici l'importanza che per Genova aveva la sua fedele Colonia.
Con la tremenda e famosa battaglia della Meloria (1284) Genova sconfigge definitivamente Pisa, stroncandone la potenza marittima, che non potrà più darle noia retrocessa qual è a piccola repubblica. Dopo questa vittoria, a cui Porto Venere aveva non poco contribuito, il borgo viene attrezzato come un terribile nido di pirati per attaccare con un'insidiosa guerriglia tutti coloro che si fossero mossi per recar danno in qualunque modo alla Repubblica Genovese. Però il paese deve subire le prime sconfitte e l'umiliazione di essere occupata da forze nemiche. Nel 1322 è devastata dai Ghibellini banditi da Genova, quindi è assalita dai Catalani nemici di Genova, e quasi distrutta nel 1340 da un violento incendio
Nella lotta delle fazioni, per cui Genova viene dilaniata. Porto Venere segue ancora le sorti della madre-patria e anche essa passa di occupazione in occupazione, soffrendo materialmente e più ancora moralmente. A causa delle discordie intestine da cui è oppressa la Repubblica, Porto Venere è occupata prima dai Lucchesi, poi dai Francesi di Carlo VI, quindi dai Fiorentini e in seguito dagli Aragonesi e ancora dai Lucchesi.
Nel 1494 per l'ultima volta Porto Venere, pur pagando con estrema rovina la sua resistenza, dà un ultimo sprazzo del suo valore, sopportando l'attacco tremendo d'una potente flotta aragonese. che dopo aspra lotta viene respinta con gravi perdite. Uomini, donne e ragazzi si gettarono accanitamente nella battaglia, quasi per vendicare le umiliazioni subite dalle occupazioni nemiche, dando grandissimo esempio di valore indomabile anche a costo della quasi intera distruzione del paese, che non fu interamente più ricostruito, ma solo la parte più vicina al mare che tuttora sussiste. Fu come il canto del cigno della gloriosa fortezza. Si può dire che da questa data ( 1494) cessa la funzione e l'importanza militare e politica di Porto Venere.
