Il castello di Porto Venere rappresenta un vero modello di architettura militare genovese, anche se la sua fisionomia ha subito, sia nell'apparenza esteriore, che nella disposizione interna, alcune mutazioni legate al progresso delle fortificazioni e delle armi da fuoco.
Nonostante gli studi di numerosi archeologi, sulle lontane origini della prima costruzione fortificata esistono ancora molti dubbi.

Le uniche fonti storiche che ci danno notizie su tali fortificazioni sono i “ Cartularia” ( registri) del notaio portovenerese Giovanni D i Giona ( 1240), i versi latini del notaio poeta Arsone da Vernazza ( 1242) oltre agli annali del Caffaro redatti per la Repubblica Genovese.Senza dubbio l’antichissimo castello citato nei diversi “ cartularia” doveva sorgere nella stessa località attuale, in quanto la funzione della fortezza era soprattutto di difesa dagli assalti dei nemici.

A prima vista il castello si presenta in massiccio monoblocco, ma, in realtà, consiste in due grandi corpi distinti racchiusi fra muri ciclopici; un “corpo basso” con il portone d’ingresso principale sul borgo sottostante, ed un “ corpo alto” che incorpora la rimanente struttura cinquecentesca con grande “ sala ipostile” ( il nome deriva dai templi antichi coperti da tetto piano sostenuto da colonne) ed un secondo portone d’accesso al sommo della scalinata. Sopra la suddetta “ sala ipostile” è situata la “Casa del capitano”, poiché nel 1500 nel castello risiedeva un Castellano o Capitano del popolo, indipendente dal podestà di porto Venere.

Siccome alla fortezza era assegnata una guarnigione di balestrieri e di archibugieri, doveva esistere un certo numero di locali per abitazione, ora non più identificabili.La spianata del “ corpo alto” a livello della copertura della “ sala ipostile” dovette essere aggiunta nel XVI secolo, proprio in conseguenza dell’introduzione di armi da fuoco.La parte nord del castello, comprendente i resti della rocca cinquecentesca, gli ampi camminamenti, le garitte a feritoia che vi sono disposti, appare soprattutto attrezzata per la difesa convenzionale con archibugi ed armi idonee a respingere gli assedianti.

Invece nel grande “ corpo basso” del fortilizio, con i suoi bastioni angolati, la difesa avveniva per mezzo di armamento con bocche da fuoco.Nel periodo napoleonico 1797  il castello di Porto Venere venne destinato a prigione politica, con la conseguente depauperazione della grande sala ipostile, nella quale sono ancora visibili i segni delle inferiate.